抗战胜利,为加紧复员建设工作并根据国民政府行政院关于简化机构、促进效率的训令，农林部于1945年11月将部属西康兽疫防治处、东南兽疫防治站、贵州湄潭兽疫防治大队合并，改组为西南兽疫防治处。

1943年，农林部在广西桂林设立部属第三兽疫防治总站，负湘、桂、赣、粤四省边区兽疫防治之责。次年春将该站改组为东南兽疫防治站、主任陈礼廷。同年，由于桂林弃守，东南兽疫防治站退处湄潭。

1943年2月27日，农林部将部属中央畜牧实验所川黔湘鄂四省边区兽疫防治总站改组为第一兽疫防治站，并附设血清制造厂。主任仍由原四省边区兽疫防治站主任吴赓荣担任。次年春又将第一兽疫防治站改组为贵州湄潭兽疫防治大队。1944年将贵州湄潭兽疫防治大队兽医人员并入东南兽疫防治队，将血清制造厂改隶中央畜牧实验所。次年重行恢复贵州湄潭兽疫防治大队。1945年9月23日，奉部令，贵州湄潭兽疫防治大队接收了已被裁撤的部辖国营第二耕牛繁殖场的大部物资及全部档案。

第二耕牛繁殖场于1941年4月成立，场址湄潭，场长陈乙枢。该场专事耕牛的繁殖改良、牧养办法的试验，饲料作物及牧草的栽培试验、民间耕牛的配种改良、办理耕牛委托寄养及贷款养牛等。

西南兽疫防治处初直隶于农林部，1949年5月后改隶经济部。该处防治区域为贵州、四川、云南、湖南、广西五省，其职掌为区域内兽疫调查及防治，制造兽疫血清菌苗，训练兽疫人员等。内设总务组、技术组、设计考核委员会、附设血清菌苗制造厂，下辖昆明、南川（1947年4月迁长沙并改长沙名）、贵阳（1946年夏迁独山并改独山名，1947年4月又由独山迁桂林并改桂林名）等兽医工作站。该处处所原在湄潭，1947年2月3日，奉部令迁到贵阳办公。处长谷延庥。

馆藏西南兽疫防治处全宗的案卷含有第二耕牛繁殖场，川黔湘鄂四省边区兽疫防治总站、东南兽疫防治站及西南兽疫防治处四单位形成的档案，共213卷，档案形成于1941年4月至1949年11月，于1963年进馆，主要内容如下：

农林部颁筹设国营耕牛繁殖场计划纲要、组织规程及委托寄养耕牛、奖励耕牛繁殖、贷款繁殖耕牛、出租耕牛、耕牛配种等规章制度。繁殖场场务会议记录、纪要，工作简报、月报、年终总结及部的指令、训令等。牧草引种试验报告。民间耕牛及兽疫调查报告。组织耕牛保育社有关材料。为民牛配种情况报告、统计表。举办耕牛比赛有关材料。

川黔湘鄂四省边区兽疫防治总站关于四省疫情及施治报告。各分站、分队人员名册、工作报告及总站的训令等。

东南兽疫防治站辖区域内疫情及施治报告。该站与中国农民银行、中国农业保险公司、贵州省农业改进所在独山创办耕牛贷款保险的有关材料。各地耕牛保健会有关材料。    西南兽疫防治处组织条例。工作简报、月报、计划、总结及部的指令、训令等。续办独山耕牛贷款保险及新办遵义、湄潭两地耕牛贷款保险的有关材料。建造血清制造厂有关材料。生物药品制造、请领、价购有关材料。防治处及各站工作人员名册、履历表。处及处内部机构、下属机构成立、合并、迁址、更名等的训令。处历年经费预算、结算等。