清代档案是贵州省档案馆现藏档案中年代最为久远，亦较珍贵的档案。共有32卷。编在历史档案部分“清末民初”全宗（全宗号：m2）内。该部分档案起于清乾隆三十年（1766年），迄于宣统三年（1911年），主要集中于光绪三十一年（1905年）至三十三年（1907年）。内容主要有契据类、划拨插花地类和学务类。

（一） 契据类

契据类档案共有3卷。地契24份、锦屏县山林契约4份、分割地产契约1份。其中，乾隆年间的2份，属道光年间的1份，咸丰年间的4份，同治年间的5份，光绪年间的11份，宣统年间的1份，不辨年代的1份。

（二） 划拨插花地类

划拨插花地类档案共有9卷，产生于光绪三十一年至宣统三年，主要是：各府、县、州、直隶厅划拨插花地禀文、详文、申文、拨出拨入地界表、丁粮户口清册、地图等；贵州巡抚拨定插花地饬札等。

（三）学务类

学务类档案共有16卷。该类档案属于贵州提学使司，产生于光绪三十一年至宣统三年，主要集中于光绪三十二年至三十三年，档案内容主要有：广益女学堂租借校舍纠纷专卷；贵州法政学堂专卷；清学部札饬议复许珏条陈学务文；云贵总督、贵州巡抚等札行整顿学务文；贵州提学使司通饬各府、县、州、直隶州、厅、直隶厅开办学堂、整顿学务文；札发各地劝学所，官、民立高等、初等小学堂，初级师范学堂钤记、章程文；札派各学堂监督、堂长、教员文；各府、县、州、直隶州、厅、直隶厅申复、禀报开办学堂情形文；各地官、民立两等小学堂、初级师范学堂统计表、程度表、简明图、规章、章程、承办各员姓名履历清册、功课表、学生名册、学堂经费开支数目清册；省城官立两等小学堂平面图；金榜（复印件）；乡试录（复印件）等。

此外，还有从其他馆复印的军事、刑事诉讼等方面的档案资料共4卷。